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本中心秉持「民族主體 多元融合」打造以人為主的原住民族教育支援系統為中心願景。「原民主體」，主要是希望透過原住民族教育資源中心的成立，能協助各級原住民族重點學校發展以民族文化為主體的知識系統，讓下一代除了能傳承自己的文化語言外，更能夠建構屬於自我的族群認同。而「多元融合」，則是希望透過中心的導引，讓民族教育能成為整個屏東縣民終身學習的一部分，讓縣民能從親身的參與體驗中，真正認識屏東縣多元的原住民族文化，讓族群主流化成為縣民的基本公民素養。
